探索單細(xì)胞奧秘，開(kāi)啟空間組學(xué)新視野！首期“單細(xì)胞空間組學(xué)應(yīng)用科學(xué)沙龍”圓滿結(jié)束
2024-09-06
（一）單細(xì)胞空間組學(xué)的發(fā)展
生命科學(xué)的發(fā)展離不開(kāi)技術(shù)的推動(dòng)。從單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)被《Nature Methods》評(píng)為2013年度技術(shù)，到空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)在2020年獲得年度技術(shù)的殊榮，并被認(rèn)為將對(duì)細(xì)胞生物學(xué)、病理學(xué)和組織學(xué)的研究帶來(lái)深遠(yuǎn)影響，再到空間蛋白組學(xué)剛剛進(jìn)入科學(xué)視野，這些技術(shù)的進(jìn)步正在不斷開(kāi)拓新的研究領(lǐng)域。許多研究者已經(jīng)或正準(zhǔn)備利用這些前沿技術(shù)來(lái)開(kāi)展研究，但在技術(shù)平臺(tái)的選擇、研究方法的應(yīng)用、以及數(shù)據(jù)挖掘，多平臺(tái)整合等方面，仍有不少值得進(jìn)一步探討的空間。
為此，森西賽智與iFuture科學(xué)咖于2024年9月5日舉辦了首期“單細(xì)胞空間組學(xué)應(yīng)用科學(xué)沙龍”。我們非常榮幸地邀請(qǐng)到在這一領(lǐng)域具有豐富經(jīng)驗(yàn)的海內(nèi)外專家們，來(lái)分享他們的研究經(jīng)驗(yàn)，并共同探討如何利用這些新興技術(shù)推動(dòng)科學(xué)研究的進(jìn)展。本次沙龍采用線上與線下結(jié)合的形式舉行，誠(chéng)摯邀請(qǐng)身處上海及周邊的老師們親臨iFuture科學(xué)咖徐匯現(xiàn)場(chǎng)，與我們一同參與這場(chǎng)學(xué)術(shù)交流。通過(guò)此次機(jī)會(huì)，我們與科研工作者們共同探索單細(xì)胞空間組學(xué)的廣闊前景。
圖1. “單細(xì)胞空間組學(xué)應(yīng)用科學(xué)沙龍”簡(jiǎn)介。
（二）陳云舜教授報(bào)告
我們首先邀請(qǐng)澳大利亞沃爾特和伊麗莎白·霍爾醫(yī)學(xué)研究院（WEHI）的陳云舜教授（Dr.Yunshun Chen)做題為“Exploring human breast cancer tissues with Vizgen MERSCOPE”的報(bào)告。陳教授分享了其在人類乳腺癌腫瘤微環(huán)境生信解析中大量利用Vizgen MERSCOPE?系統(tǒng)研究空間轉(zhuǎn)錄組的案例，基于MERSCOPE?開(kāi)發(fā)了一系列的空間組學(xué)解析工具（研究細(xì)胞種類、細(xì)胞種類密度、腫瘤細(xì)胞微環(huán)境、腫瘤細(xì)胞分化等），說(shuō)明Vizgen MERSCOPE?系統(tǒng)可以以亞細(xì)胞的分辨率分析FFPE組織樣本，其下游生信分析可提供豐富的、多角度的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析數(shù)據(jù)研究腫瘤微環(huán)境。
圖2. 陳云舜教授簡(jiǎn)介。
圖3.陳云舜教授的報(bào)告題目。
圖4. 陳教授回答提問(wèn)。
（三）張曉亮先生報(bào)告
然后Vizgen中國(guó)區(qū)總經(jīng)理張曉亮先生做題為“超高分辨原位成像法空間轉(zhuǎn)錄組研究新維度——Vizgen MERSCOPE/MERFISH研究進(jìn)展”的報(bào)告。張曉亮先生詳細(xì)介紹了Vizgen MERSCOPE?系統(tǒng)的原理、特點(diǎn)、優(yōu)勢(shì)和在空間轉(zhuǎn)錄組研究中的應(yīng)用，凸顯了其基于MERFISH（抗誤差多重?zé)晒庠浑s交）技術(shù)和超高分辨成像技術(shù)，可在亞細(xì)胞分辨率下實(shí)現(xiàn)大規(guī)模多重、基因組規(guī)模的核酸與蛋白分子成像的能力，具有高精度和無(wú)與倫比的檢測(cè)效率。MERSCOPE在腫瘤學(xué)、免疫學(xué)、神經(jīng)科學(xué)、傳染病、發(fā)育生物學(xué)、植物學(xué)、農(nóng)業(yè)、細(xì)胞和基因治療等多個(gè)領(lǐng)域都有廣泛的應(yīng)用實(shí)例，為基于全組織的基礎(chǔ)研究和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)提供變革性的見(jiàn)解，是加速藥物發(fā)現(xiàn)和開(kāi)發(fā)的重要工具。并介紹了超過(guò)10000個(gè)基因的基因組原位成像和第一個(gè)利用MERFISH技術(shù)進(jìn)行斑馬魚全胚胎三維空間轉(zhuǎn)錄組成像、空間轉(zhuǎn)錄組在免疫治療臨床研究中的重要進(jìn)展等發(fā)展趨勢(shì)和最新成果，截至2024年8月底，應(yīng)用Vizgen技術(shù)的高質(zhì)量研究文獻(xiàn)發(fā)表超過(guò)240篇，其中不含預(yù)印本的正式發(fā)表期刊中CNS正刊超過(guò)30篇，含子刊超過(guò)70篇，75%影響因子為10分以上。
圖5. 張曉亮先生簡(jiǎn)介。
圖6.張曉亮先生的報(bào)告題目。
圖7. 張曉亮先生介紹Vizgen MERSCOPE?系統(tǒng)。
（四）田瑞軍教授報(bào)告
我們也榮幸地邀請(qǐng)到南方科技大學(xué)田瑞軍教授在線對(duì)他的工作“單細(xì)胞分辨率空間可視化蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)應(yīng)用于解析胰腺癌腫瘤微環(huán)境”進(jìn)行了經(jīng)驗(yàn)分享。
圖8. 田瑞軍教授簡(jiǎn)介。
圖9. 田瑞軍教授的報(bào)告題目。
（五）薛瑞棟教授報(bào)告
北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部薛瑞棟教授最后做了題為“空間單細(xì)胞解析腫瘤克隆演化與微環(huán)境”的報(bào)告。薛教授分享了在肝癌細(xì)胞的腫瘤間異質(zhì)性（分子亞型、診斷標(biāo)志物）、腫瘤內(nèi)異質(zhì)性（腫瘤進(jìn)化樹(shù)和雙相演化模型）和細(xì)胞異質(zhì)性（TIME亞型、嗜中性粒細(xì)胞異質(zhì)性）研究中的工作，也凸顯了空間轉(zhuǎn)錄組分析在肝癌細(xì)胞異質(zhì)性研究中的重要作用。
圖10. 薛瑞棟教授簡(jiǎn)介。
圖11. 薛瑞棟教授的報(bào)告題目。
圖12.薛瑞棟教授回答提問(wèn)。
沙龍的線上直播也吸引了近2000人在線觀看，各位老師、科研工作者熱烈參加討論，進(jìn)一步探討單細(xì)胞空間組學(xué)在腫瘤學(xué)、免疫學(xué)、神經(jīng)科學(xué)等領(lǐng)域的廣闊應(yīng)用前景?，F(xiàn)場(chǎng)活動(dòng)在22:00落下帷幕，我們期待在下一期“單細(xì)胞空間組學(xué)應(yīng)用科學(xué)沙龍”中再次相聚，給各位科研工作者帶來(lái)更多、更精彩的學(xué)術(shù)盛宴！
（六）附錄
6.1關(guān)于MERFISH與MERSCOPE?
MERFISH（multiplexed error-robust fluorescence in situ hybridization，抗誤差多重?zé)晒庠浑s交）技術(shù)通過(guò)使用組合標(biāo)記、順序成像和糾錯(cuò)條形碼方案來(lái)擴(kuò)展單分子FISH（smFISH）的功能，以納米精度檢測(cè)RNA。這為研究人員開(kāi)啟了了解每個(gè)細(xì)胞內(nèi)轉(zhuǎn)錄組組成與分布的窗口。MERFISH技術(shù)由哈佛大學(xué)莊小威教授團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)并于2015年首次發(fā)表，此后已累計(jì)發(fā)表了200多篇經(jīng)過(guò)同行評(píng)審的文章，每年都有更多令人興奮的發(fā)現(xiàn)。MERSCOPE? “超高分辨單細(xì)胞原位空間組學(xué)分析系統(tǒng)”以革命性的MERFISH技術(shù)引領(lǐng)，探索超高分辨多重原位單細(xì)胞空間基因組學(xué)新維度，這是全球第一個(gè)結(jié)合單細(xì)胞和空間基因組學(xué)分析的超多重、超高分辨率原位單分子檢測(cè)分析平臺(tái)。將MERFISH技術(shù)的強(qiáng)大性能和潛力與高分辨率成像、流體學(xué)、圖像數(shù)據(jù)處理和自動(dòng)化相結(jié)合，提供了一個(gè)端到端的解決方案，協(xié)助科學(xué)家極致探索空間生物學(xué)信息。通過(guò)空間基因組學(xué)技術(shù)，可以生成包括RNA表達(dá)、細(xì)胞類型、細(xì)胞狀態(tài)和組織物理結(jié)構(gòu)的完整生物圖譜，為生物學(xué)提供了前所未有的理解深度，打開(kāi)了生物技術(shù)下一個(gè)前沿的大門。
6.2 關(guān)于Vizgen?
Vizgen致力于開(kāi)拓下一代基因組學(xué)，提供展示原位單細(xì)胞空間基因組學(xué)廣闊潛能的工具。該公司在空間基因組學(xué)領(lǐng)域建立了基準(zhǔn)，并持續(xù)推動(dòng)行業(yè)創(chuàng)新，提供最高的靈敏度、出色的特異性以及高度精確的細(xì)胞分割。這些工具使研究人員能夠通過(guò)空間背景對(duì)調(diào)控人類健康和疾病的生物系統(tǒng)不斷獲得新的見(jiàn)解。Vizgen 的 MERSCOPE? 平臺(tái)可在亞細(xì)胞分辨率下實(shí)現(xiàn)大規(guī)模多重、基因組規(guī)模的核酸與蛋白分子成像，具有高精度和無(wú)與倫比的檢測(cè)效率。MERSCOPE為腫瘤學(xué)、免疫學(xué)、神經(jīng)科學(xué)、傳染病、發(fā)育生物學(xué)、植物學(xué)、農(nóng)業(yè)、細(xì)胞和基因治療等領(lǐng)域廣泛的基于全組織的基礎(chǔ)研究和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)提供了變革性的見(jiàn)解，是加速藥物發(fā)現(xiàn)和開(kāi)發(fā)的重要工具。截止2024年3月，應(yīng)用Vizgen技術(shù)發(fā)表的SCI文獻(xiàn)數(shù)目≥100篇且影響因子超20分的文獻(xiàn)數(shù)目≥30篇。有關(guān)詳細(xì)信息，請(qǐng)轉(zhuǎn)到 www.vizgen.com，郵箱china@vizgen.com?；蛟谏缃幻襟wWechat，Twitter，LinkedIn和Facebook上關(guān)注并聯(lián)系我們。
6.3 關(guān)于森西賽智
Vizgen的中國(guó)區(qū)戰(zhàn)略合作伙伴“森西賽智科技有限公司”將和Vizgen團(tuán)隊(duì)攜手共同打造國(guó)內(nèi)高水平單細(xì)胞原位空間組學(xué)分析技術(shù)和服務(wù)平臺(tái)。
森西賽智（北京/上海/廣州/成都）擁有超過(guò)20年的生命科學(xué)和生物技術(shù)領(lǐng)域的自主研發(fā)和國(guó)際品牌代理經(jīng)驗(yàn)，專注于國(guó)內(nèi)整合和推進(jìn)全球產(chǎn)品進(jìn)入中國(guó)的研發(fā)市場(chǎng)，產(chǎn)品線覆蓋分子、蛋白、細(xì)胞、組織、小動(dòng)物、生物工藝和自動(dòng)化等領(lǐng)域。森西賽智在全國(guó)各主要城市都有銷售或售后服務(wù)網(wǎng)點(diǎn)，相關(guān)工作人員均接受原廠培訓(xùn)，具有雄厚的技術(shù)支持基礎(chǔ)，可以為客戶提供專業(yè)周到的服務(wù)。自成立以來(lái)，“森西賽智科技有限公司”已為5300+客戶提供優(yōu)質(zhì)的產(chǎn)品和服務(wù)。